A vacinação contra a febre aftosa alcançou 29.796.789 bovinos e bubalinos, o correspondentes a 99,73%, em maio de 2019. Nessa etapa é obrigatória a vacinação de bovinos e bubalinos de todas as idades, “de mamando a caducando”, exceto na microrregião do Baixo Pantanal Mato-grossense.
Desde 2005 os índices de vacinação tem alcançado porcentagens superiores a 99% de imunização em todas as regiões de Mato Grosso. A baixa inadimplência é resultado do trabalho de divulgação, educação sanitária, fiscalização e apoio dos produtores rurais.
O Instituto de Defesa Agropecuária do Estado de Mato Grosso (Indea-MT) fiscalizou 2471 estabelecimentos rurais, correspondendo a 2,6% do total no estado. O Ministério da Agricultura Pecuária e Abastecimento (Mapa) também ficou responsável pela regulamentação, divulgação, educação sanitária, controle e fiscalização da vacinação.
Há ainda uma parceria com entidades ligadas ao setor pecuário como a Federação da Agricultura e Pecuária do Estado de Mato Grosso (Famato), Associação dos Criadores de Mato Grosso (Acrimat), Associação dos Criadores de Suínos de Mato Grosso (Acrismat), Sindicato das Indústrias Frigoríficas de Mato Grosso (Sindifrigo), Associação Mato-Grossense de Criadores de Ovinos e Caprinos (Ovinomat) e o Fundo Emergencial de Saúde Animal do Estado de Mato Grosso (Fesa-MT) pra implementação de medidas de prevenção contra a febre aftosa.
O último foco da doença no estado ocorreu em 1996. Atualmente Mato Grosso é reconhecido pela Organização Mundial de Saúde Animal (OIE) como livre de febre aftosa com vacinação.